みなとさかい交流館にはコインロッカーがあるので荷物を預けておく事が出来ます。利用するには100円コインが必要です。コインは使用後に返却口から戻ってきます（無料）。
また、大きな荷物は「境港観光案内所」で預かってくれますので、相談してみましょう。